Doctrine et mouvement religieux dont l'origine remonte au IIIe siècle de notre ère, le manichéisme a été longtemps considéré et traité comme une « hérésie » ou une secte chrétienne. En réalité, il est, au sens plein du terme, une religion : une religion de type dualiste et d'essence « gnostique ».En raison de sa cohérence dogmatique, de la rigidité de sa structure et de ses institutions, elle n'a cessé de garder, tout au long de son histoire, son unité et sa physionomie propres.
Tout autant fait-il partie des religions révélées ou, sous d'autres aspects, des « religions de salut » ou des « religions du Livre ». Il est aussi une Église : la constitution qu'il s'est donnée répond à un type « ecclésiastique », et, de fait, il s'est lui-même appelé « la sainte Église » aussi bien que « la sainte Religion ».Pendant longtemps, la connaissance et l'étude du manichéisme n'ont reposé que sur des témoignages indirects, dus généralement à des adversaires, et dont le principal est celui de saint Augustin (qui a fait partie de la religion manichéenne avant de se tourner vers l'église catholique).
Le nom de dualisme est donné à des doctrines suivant lesquelles on ne peut expliquer les choses en général, ou certaines catégories de faits, qu'en supposant l'existence de deux principes premiers et irréductibles. On distingue souvent le dualisme cosmologique , qui consiste à penser que le monde est dominé par le concours, ou l'alternance, ou l'opposition perpétuelle de deux causes primordiales ; le dualisme métaphysique , qui pose l'existence d'une réalité transcendante par rapport au monde sensible ; le dualisme anthropologique , qui explique les faits humains par la présence, dans l'homme, de deux réalités irréductibles : l'âme et le corps, ou la raison et les passions, ou la liberté et la nécessité ; le dualisme épistémologique , qui représente la connaissance comme dépendant de deux genres d'être : le sujet et l'objet ; le dualisme éthique , qui oppose le devoir à la sensibilité.
Quoi qu'il en soit, il faut surtout distinguer l'emploi du mot « dualisme » en histoire des religions et en histoire de la philosophie, car ce n'est pas au même genre de doctrine qu'il s'applique dans ces deux domaines. Ce mot fut d'abord employé en histoire des religions. C'est Thomas Hyde qui a forgé le terme dualiste , dont il se sert dans son Historia religionis veterum Persarum (1700) pour désigner les hommes qui regardent Dieu et le Diable comme coéternels. Bayle l'introduisit en français ; il s'en sert, de même que Leibniz, dans le même sens que Hyde. Christian Wolff, le premier, l'appliqua aux philosophes qui considèrent l'âme et le corps comme des substances distinctes (Psychologia rationalis , § 39, 1734). Il en est résulté un double usage : c'est dans le sens de Wolff que le mot « dualisme » est généralement employé par les historiens de la philosophie, tandis que chez les historiens des religions il a ordinairement gardé le sens qu'il avait chez Hyde. À ces deux espèces principales de dualisme, il faut ajouter une troisième : le « dualisme gnostique », c'est-à-dire le genre de dualisme qui, selon beaucoup d'historiens, constituerait l'essence du gnosticisme. Dieu y est en dernier ressort cause de tout. Le « dualisme gnostique », si dualisme il y a, est d'une espèce particulière. Il consiste à penser qu'entre Dieu et le monde il n'y a pas de lien immédiat ; que les puissances qui ont créé directement le monde et le gouvernent, quoique venant de Dieu, ne connaissent pas Dieu, s'opposent même à lui en un sens, car elles dominaient injustement les âmes avant la venue du Sauveur et celui-ci a dû les vaincre pour sauver les âmes. Il est vrai que l'une des doctrines dérivées du gnosticisme est le manichéisme, qui, lui, est certainement un dualisme au sens propre. Mais Mani a modifié le gnosticisme en y joignant des traits empruntés à la fois au dualisme philosophique et au mazdéisme. Le dualisme manichéen s'écarte du dualisme proprement gnostique.