Pour les cathares, le problème crucial est celui du mal, qu'on trouve dans l'univers rempli de créatures vaines et corruptibles, et qu'ils ne peuvent imputer à Dieu. Leur foi repose sur la conviction commune que ce monde visible et tout ce qu'il renferme est l'oeuvre du diable. Selon le traité de Bartholomé de Carcassonne, « il y a un autre monde formé de créatures incorruptibles et éternelles ».
Quelle que soit leur obédience, les cathares nient tous la Trinité, faisant du Père une personne supérieure au Fils et au Saint-Esprit. De même, ils croient à l'existence de deux règnes. Chaque dieu a son royaume : l'un invisible, spirituel, lumineux, excluant le mal ; l'autre visible, matériel, ignorant le bien, fait de souillures et de perversité. Toutefois, les uns, absolus, de l'ordre de Dragovitza, supposent un drame cosmique : Lucifer, fils du Dieu des ténèbres, sortant de son royaume, aurait envahi la cour céleste pour y séduire les anges, et le Père l'aurait expulsé des cieux, ainsi que sa cohorte et les anges rebelles. Les autres, mitigés, de l'ordre de Bulgarie, présument la rébellion satanique dans l'empyrée même et attribuent à Satan la fonction de démiurge, que Dieu, répondant à ses supplications, lui aurait accordée.
L'âme se doit d'expier sa faute en des corps successifs, jusqu'au jour où celui qui la retient accepte de se purifier par le consolamentum. La croyance en la métempsycose, prônée à Desenzano, ne se rencontre guère au début en Languedoc.
D'un commun accord et à l'exemple des hérésiarques antérieurs, les cathares contestent la valeur des sacrements : le baptême d'eau, sans valeur, donné même aux enfants ; l'eucharistie, dépourvue de présence christique. Mais, quotidiennement, ils fractionnent le pain, qu'ils bénissent et distribuent aux assistants. Toutefois, les Albanenses refusent de bénir cet élément matériel. Tous condamnent le mariage, la procréation issue de la matière mauvaise qui, en proliférant, perpétue le mal. Ils accordent un certain crédit à la pénitence, qu'ils font d'ailleurs, selon Sacconi, sans repentance - ce que dément le rituel -, sans aveu particulier des fautes, ni satisfaction et, de ce fait, pour l'inquisiteur, sans grand effet. Ils pratiquent surtout le « service », ou apparelhamentum , aveu mensuel des fautes vénielles, confession générale des parfaits. En présence de l'officiant, qui tient le livre des Évangiles devant sa poitrine, l'un d'entre eux, au nom de tous inclinés à terre, prie en ces termes : « Nous venons, devant Dieu et devant vous, confesser nos fautes, parce que nous avons beaucoup péché en parole, en acte et en pensée... »